MATER comenzó a atender niños con enfermedades renales en el Hospital Exequiel González Cortes en 1997. Ese mismo año se decidió la construcción, en el mismo hospital, del Policlínico de Nefro - urología. Esto posibilitó mejorar la atención de muchos niños, ya que las instalaciones con las que se contaba no daban abasto. En 1998 fue inaugurado.
En 2001 considerando la lista de espera para cirugías, MATER construyó y equipó un pabellón quirúrgico. En consecuencia se incrementaron las cirugías en un 50%, disminuyendo la lista de espera dramáticamente.
Ese mismo año MATER recibió la distinción Día de la excelencia en Salud otorgada por el Ministerio de Salud.
En 2002, debido a la necesidad de hospedar a los niños provenientes de otras regiones, abrió las puertas la Casa de Acogida de MATER. Esta casa permite una mejor recuperación de los niños junto a sus madres.
Luego de mucho esfuerzo MATER logró en 2004, abrir su Centro de Diagnóstico. Este centro, equipado con máquinas de última tecnología, permite la realización de exámenes en forma expedita de miles de niños.
Hasta la fecha se ha incrementado la infraestructura del lugar. Se han incorporado Medicina Nuclear y Laboratorio de Urodinamia con máquinas modernas que permiten una mayor cantidad de exámenes y de distinto tipo. También se ha incrementado continuamente el número de niños atendidos, y aumentado la cantidad de niños que reciben apoyo para realizar sus tratamientos e intervenciones quirúrgicas. Se ha incorporado el programa de difusión y prevención de enfermedades renales organizando charlas y conferencias con el objetivo de optimizar los recursos a través de la prevención.